Além das sete clínicas utilizadas pelas diferentes especialidades nos Cursos de Graduação e Pós-Graduação lato-sensu, o PPGOD oferece, desde 2008, uma clínica odontológica destinada exclusivamente à Pós-Graduação stricto-sensu para a realização de ensaios clínicos. Conta em sua estrutura física com quatro equipos, microscópio clínico DF Vasconcelos, radiografia digital, bombas suctoras, entre outros.

O PPGOD conta também com cinco laboratórios multiusuários e multidisciplinares, que foram criados e continuam sendo mantidos com auxílio financeiro da própria UERJ e de diversas agências financiadoras, como FAPERJ, CAPES e CNPq. Todos os laboratórios atendem a todas as áreas de concentração do PPGOD bem como às pesquisas de iniciação científica e de trabalho de conclusão de curso de graduação.